Las principales desventajas de las producciones orgánicas son:

• Una menor vida útil de los alimentos por falta de conservantes químicos.
• Los productos son mucho mas caros que los tradicionales, por la escasez de oferta, por los tiempos productivos, y por la menor densidad de los cultivos o crías.
• Una menor oferta de producto provenientes de destinos alejados, por su impacto en el medio ambiente.
• Los productos certificados orgánicos son limitados y reducido a unas pocas familias de productos.